(标签-python|关键词-output)结果文件里没有内容

Question

运行一个python的语句，如下：

python3 test.py test1.csv test2.tab test3.txt output.txt

test.py的代码如下：

import sys
 
nr_cog = sys.argv[1]
cog_tab = sys.argv[2]
blast = sys.argv[3]
output = sys.argv[4]

#读取 NR 和 COG 映射关系
nr = {}
 
nr_cog = open(nr_cog, 'r')
for line in nr_cog:
    line = line.split(',')
    if line[2] not in nr:
        nr[line[2]] = [line[6]]
    elif line[6] not in nr[line[2]]:
        nr[line[2]].append(line[6])
 
nr_cog.close()
 
#读取 COG 功能和分类描述
cog = {}
 
cog_tab = open(cog_tab, 'r')
for line in cog_tab:
    line = line.split('\t')
    cog[line[0]] = '\t'.join(line[0:3])
 
cog_tab.close()
 
#读取 blast 比对结果，根据 NR id，将 COG id、描述、分类等信息匹配在后方
output = open(output, 'w')
blast = open(blast, 'r')
print(f'{blast.readline().strip()}\tCOG_name\tCOG_class\tCOG_description', file = output)
 
for line in blast:
    line = line.strip()
    id = line.split('\t')[5]
    if id in nr:
        for id2 in nr[id]:
            print(f'{line}\t{cog[id2]}', file = output)
 
blast.close()
output.close()

整个过程没有报错，但是最后的结果文件output.txt里只有表头，没有内容，麻烦帮忙看下是不是#读取 blast 比对结果，根据 NR id，将 COG id、描述、分类等信息匹配在后方，那一块数据没有写进output.txt里，问题出在哪里呢？谢谢

Answer 1

【以下回答由 GPT 生成】

要正确运行这个Python脚本并将输出保存到文件中，你需要按照以下步骤进行操作：

1. 首先，确保你的系统上已经安装了Python环境。你可以通过在终端中输入python --version来确认Python版本是否已经安装。如果没有安装，请根据你的操作系统和版本安装Python。

2. 将Python脚本保存到一个文件中，比如script.py。

3. 打开终端，并进入脚本所在的目录。

4. 确保你的输入文件 nr_cog、cog_tab 和 blast 已经准备好，并且位于与脚本相同的目录中。确保输出文件所指定的路径是可写的。

5. 在终端中，运行以下命令来执行脚本并将输出保存到文件中：

python script.py nr_cog cog_tab blast output

其中，nr_cog、cog_tab、blast 和 output 是你的输入文件和输出文件的路径。请将其替换为你自己的路径。

1. 执行脚本后，脚本将会读取输入文件的内容，并将结果输出到指定的输出文件中。

请注意，在运行脚本之前，你还需要确保脚本中缺失的部分已经被填充完整。在你提供的代码示例中，最后有一个if id in nr:的条件判定，但是条件的内容没有给出。你需要根据你的需求将其补充完整。

希望这个解决方案对你有帮助！如果你还有其他问题，请随时提问。

如果你已经解决了该问题, 非常希望你能够分享一下解决方案, 写成博客, 将相关链接放在评论区, 以帮助更多的人 ^-^