packmol如何建模

Question

想请问一下这篇文献中的这个模型是如何用packmol建立的？
我是用ms建立的甲烷水合物，再用packmol建立甲烷水溶液，最后再用packmol将两个模型合并。
但是结果一直报错

报错如下：

Packmol was unable to put the molecules
         in the desired regions even without
         considering distance tolerances. 
         Probably there is something wrong with
         the constraints, since it seems that
         the molecules cannot satisfy them at
         at all. 
         Please check the spatial constraints and
         try again.
  >The maximum number of cycles (          40 ) was achieved.
   You may try increasing it with the nloop0 keyword, as in: nloop0 1000 
STOP 173

甲烷水溶液的inp文件为：

tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mix.pdb
structure water.pdb
  number 1380
  inside box 0. 0. 24. 24. 24. 100.
end structure
structure methane.pdb
  number 150
  inside box 0. 0. 24. 24. 24. 100.
end structure

最终模型的inp文件：

tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output surface.pdb
structure mix.pdb
  number 1
  inside box 0. 0. 25.28. 25.28. 25.28. 104.
end structure
structure hydrate222.pdb
  number 1
  inside box 0. 0. 0. 25.28. 25.28. 25.28.
end structure

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

根据您提供的信息，您正在尝试使用Packmol来构建甲烷水合物模型。报错信息表明Packmol无法将分子放入期望的区域，可能是因为空间约束有问题。为了解决这个问题，您可以尝试以下方法：

1. 检查您的输入文件（inp文件）中的参数是否正确。特别是，确保甲烷和水的数目、位置以及盒子的大小设置正确。

2. 增加Packmol的最大循环次数。在您的输入文件中，您可以使用nloop0关键字来增加最大循环次数。例如，将nloop0 40更改为nloop0 1000，以允许更多的迭代次数。

3. 调整容忍度。在您的输入文件中，您可以使用tolerance关键字来调整容忍度。例如，将tolerance 2.0更改为tolerance 1.5或更小的值，以允许更宽松的空间约束。

4. 检查您的结构文件（如water.pdb和methane.pdb）是否包含正确的原子坐标和连接信息。确保这些文件没有损坏或格式错误。

如果您仍然遇到问题，建议您查阅Packmol的官方文档以获取更多关于如何使用该软件的信息。此外，您还可以尝试使用其他建模工具，如GROMACS或AMBER，看看它们是否能更好地满足您的需求。