单细胞doubletfinder运行最后一步命令时出现Error: cannot allocate vector of size 16.8 Gb

Question

单细胞doubletfinder运行最后一步命令时出现Error: cannot allocate vector of size 16.8 Gb，怎么解决

在运行scRNA1 <- doubletFinder_v3(scRNA1, PCs = 1:10, pN = 0.25, pK = pk_good, nExp = nexp.poi.adj, reuse.pANN = FALSE, sct = FALSE)时出现上述错误，电脑是联想小新13pro，运行内存是16G，R版本是4.2,2，单细胞的数据来源于NC的一篇文章，选了其中四个样本，seurat对象矩阵大小是23564*35575。

gc（）无效；memory.limit（）显示目前已不再受支持；future包双核运行也不行

请问各位该如何解决？

Answer 1

这个错误信息表明你的R运行内存不足。可以尝试以下方法：

1. 将R对象序列化并保存到硬盘上，然后删除R对象。这样可以释放内存空间，然后再重新加载序列化后的对象。可以使用R内置的saveRDS和readRDS函数来完成这个过程。

2. 使用64位的R版本。如果你的电脑是64位的，那么使用64位的R版本可以扩大你的内存空间限制。

3. 增加虚拟内存。使用Windows系统的用户可以在“我的电脑”右键属性，然后选择“高级系统设置” -> “高级” ->“性能” ->“设置” ->“高级” ->“虚拟内存”中设置。将初始大小和最大大小设置为相同的值，这个值比你的物理内存大即可。

4. 减少数据的维数。可以使用PCA等降维方法来减小数据的维数，从而减少内存的使用量。

希望这些方法可以帮助你解决问题。