您好,我是一名在读硕士,近期在做癌组织和癌旁组织的转录组分析(RNA-seq),在过程中遇到一个比较严重的问题,特向您请教。
问题是这样的,我在获取了原始的测序数据后自己进行分析,在进行到差异表达分析时,我做聚类树图时出现了癌旁组织(pc开头)被分到了癌组织(p开头)中的情况,见下图
PCA图看着还可以,见下图
开始以为是批次效应的原因(这些数据是分两批测得的,其中p5和pc5是第一批,其他的是第二批),后面我进行去除批次效应,继续做聚类分析,结果还是不理想,如下图
在这里我想和您请教这种层次聚类树是否正常,若是正常的话要怎样去解释它,若不正常的话要怎么去调整它。
非常感谢您百忙之中抽空回复我的问题,若您有任何指示我没能及时回复您的话请劳烦您加我微信:IndustrypayS100,若您能抽空协助我,我将不胜感激,并付您一定报酬。期待您的回复!