Jupyter运行不了

Question

本人医学生，想要通过pyradiomics处理图像，出现了这个问题，请问各位兄台应该怎么处理

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

看起来你在尝试使用PyRadiomics库进行医学影像分析时遇到了问题。这个错误信息表明在加载mask文件时出错了。为了解决这个问题，我们可以按照以下步骤排查：

1. 确保mask文件路径正确且文件存在。
2. 检查mask文件是否是有效的NRRD格式，因为PyRadiomics默认使用Numpy数组来读取数据。
3. 如果mask文件不是NRRD格式，你需要先将其转换成NRRD格式。

首先，确保'label.nrrd'确实是一个存在的文件，并且是正确的格式。如果你有多个版本的NrrdIO模块（例如SimpleITK），可能需要调整PyRadiomics的配置以使用正确的版本。可以尝试设置readerName参数为'SimpleITK'或'Nibabel'。

修改后的代码如下：

import os
import radiomics

# 设置读者名称，如果默认的SimpleITK不工作，可以尝试更换为Nibabel
os.environ['RADIOMICS_USE_NIBABEL'] = 'True'

# 创建特征提取器对象
extractor = radiomics.RadiomicsFeatureExtractor()

# 执行特征提取
try:
    feature_1 = extractor.execute('image.nrrd', 'label.nrrd', readerName='Nibabel')
except FileNotFoundError:
    print("Image file not found. Please check the path.")
except ValueError as e:
    print("ValueError occurred:", str(e))

如果上述步骤仍然无法解决你的问题，可能是mask文件本身存在问题，比如它可能不是一个二值图像（即只包含0和1的灰度图像）。在这种情况下，你需要确保mask文件清晰地定义了感兴趣区域（ROI）。

另外，确保你使用的NumPy版本与SciPy兼容。从错误信息来看，你的SciPy版本为1.26.4，而推荐的NumPy版本范围是1.18.5到1.25.0。你可以尝试更新或降级NumPy到推荐的范围内，看看是否能解决问题。

这是一个关于如何更新或安装特定版本NumPy的命令示例：

pip install numpy==1.24.0  # 这里选择一个推荐范围内的版本，例如1.24.0

请根据实际情况选择合适的版本号。执行此命令后，重新启动Jupyter Notebook，然后再次尝试运行你的代码。

如果还有问题，建议检查一下你的环境设置，确保所有依赖项都已正确安装并且版本匹配。