HPODNets: deep graph convolutional networks for predicting human protein-phenotype associations

Question

您好，我读了您的这篇HPODNets: deep graph convolutional networks for predicting human protein-phenotype associations文章，对此很感兴趣。我想复现您的模型，因为目前我也在研究一些相关的问题。我有几个代码方面的疑问：您再GitHub上提供的数据源获取网址我打不开，不知道什么原因所以想请求您的帮助，——http://compbio.charite.de/jenkins/job/hpo.annotations.monthly/ 第二个是我看您论文实现的配置需要在Nvidia GPU 和 CUDA 10.0上运行，由于我的电脑显卡为GPU Intel(R) Iris(R) Xe Graphics，所以请问一下，我的电脑配置有希望复现您的代码吗？ 感谢解答。

Answer 1

对于第一个问题，在今年（2021年）年初，HPO团队更新了HPO标注文件格式和发布渠道，目前仅有2020-8-5之后发布的数据在

Error 404 Not Found https://ci.monarchinitiative.org/view/hpo/job/hpo.annotations/%E4%B8%8A%E5%85%AC%E5%B8%83%EF%BC%8C%E5%85%88%E5%89%8D%E7%9A%84%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%B7%B2%E8%A2%AB%E5%88%A0%E9%99%A4%E3%80%82%E7%94%B1%E4%BA%8E%E6%88%91%E5%B7%B2%E6%AF%95%E4%B8%9A%EF%BC%8C%E5%85%88%E5%89%8D%E7%9A%84%E6%95%B0%E6%8D%AE%E6%88%91%E6%89%8B%E5%A4%B4%E4%B9%9F%E6%B2%A1%E6%9C%89%E4%BA%86%EF%BC%8C%E5%8D%81%E5%88%86%E6%8A%B1%E6%AD%89%E3%80%82

对于第二个问题，我的建议是你在计算服务器上去运行，因为内存消耗也蛮大的。如果条件实在有限，可以将模型训练改成CPU模式，或者说把".cuda()"给删掉，尽管这样训练速度会慢很多。