python医学图像分割肝脏预处理

Question

**近期在实现肝脏分割，预处理阶段遇到了问题，不知道怎么返回投影后第一个不为0的像素坐标。 **

原论文是这样描述预处理过程的：根据解剖学先验,肝脏通常位于人体腹腔右部。 在CT 断层扫描中,肝脏区域主要出现在横切面视角成像图像的腹腔左侧,如图 1(a)所示。 为了获取包含完整肝脏的感兴趣区域、去除不相关组织器官的干扰,需对 CT 图像进行裁剪。 首先,采用阈值和数学形态学方法[17]对CT 图像中的肋骨和脊椎进行分割,得到结果如图 1(b)所示。 然后,对分割结果进行行和列投影,且分别取第 1个以及最后一个不为 0 的像素所在的行和列,构建长为Lw、宽为Lh的矩形框,定位腹腔区域如图 1(c)所示。 考虑到肝脏区域通常位于 CT 切片腹腔左侧,将矩形框中心点 O 向左平移 Lw/4 得到点P,并以点P 为中心取大小320×320 的方形区域作为最终的裁剪结果。 最后对裁剪区域图像的窗位与窗宽进行调整。 根据放射医学先验知识,可显示的人体组织 CT 值范围一般为-1 000~1 000 Hu,而肝、脾、肾、肌肉等器官软组织的 CT 值范围通常在 40 ~70 Hu。 为了增强肝脏与毗邻组织的对比度,本文将 CT图像的窗位和窗宽分别设置为 60 和 170 Hu,即可得到预处理图像如图 1(d)所示。

目前已经实现（b）图，但（c）图不知道用什么函数或方法来实现。需要大家帮助，给一点思路或者建议。谢谢

Answer 1

该回答引用ChatGPT

1、在实现预处理阶段的行和列投影后，可以使用以下方法来找到第一个不为0的像素坐标：

2、对于行投影，从图像的顶部开始逐行扫描，直到找到第一个非零像素。记录该行的索引。

3、对于列投影，从图像的左侧开始逐列扫描，直到找到第一个非零像素。记录该列的索引。

可以使用以下Python代码实现这个过程：

import numpy as np

# image是预处理后的二值图像
row_projection = np.sum(image, axis=1)
col_projection = np.sum(image, axis=0)

# 找到第一个不为0的行和列索引
first_row = np.nonzero(row_projection)[0][0]
first_col = np.nonzero(col_projection)[0][0]

# 输出第一个不为0的像素坐标
print("第一个不为0的像素坐标：({},{})".format(first_row, first_col))

这个代码假设图像已经被处理为二值图像，并计算行和列投影。然后，它找到第一个非零行和列的索引，并输出它们。这些索引可以作为裁剪框的起始位置。