如何計算肌肉細胞面積

Question

最近需要計算老鼠的肌肉細胞橫截面積，原先是先截圖，然後使用人工手畫框出一顆一顆細胞再丟進imagej 跑（因為imagej 識別不出肌肉細胞的分界線必須手動處理），但是樣本數太多老師也覺得用手畫實在太麻煩
不知道有沒有工具是可以直接識別計算的🥹

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

确实存在一些自动化图像分析工具，能够自动计算肌肉细胞的面积。其中Matlab的图像处理工具箱可以帮助您进行这种工作。以下是基本的步骤，这些步骤大致指导如何使用Matlab的图像处理功能自动识别和计算肌肉细胞面积。这里使用的可能技术包括但不限于图像分割、边缘检测等。注意这是一个较为高级的课题，可能需要根据具体的实验数据调整和优化算法：

基本步骤：

1. 导入图像: 使用Matlab读取图像文件。这通常可以通过使用imread函数完成。

img = imread('your_image_file.png');  % 更换为你的图像文件名

1. 预处理: 可能需要进行一些预处理步骤，如降噪、对比度增强等，以改善后续分析的准确性。
2. 图像分割: 这是最关键的一步，它将图像分割成单个的肌肉细胞。可以使用阈值分割、边缘检测、区域增长等方法。具体的分割方法可能需要根据你的图像特点来定制。例如，如果细胞有明显的边缘，可以使用边缘检测算法如Canny边缘检测等。如果细胞与背景有明显的对比度差异，可以使用阈值分割。对于复杂的图像，可能需要结合多种方法并使用机器学习或深度学习模型进行更精确的分割。对于Matlab，可以使用Image Segmentation Toolbox等工具进行更高级的图像分割。
3. 计算面积: 对于每个分割出来的细胞，使用Matlab的图像处理函数计算其面积。这可能涉及到像素计数或形状分析。如果图像是以像素为单位表示的，则每个像素的面积可以视为一个单位面积（例如，如果图像的分辨率是以微米为单位的话）。对于复杂的形状分析，可能需要使用特定的形状分析工具箱或自定义函数来计算面积。
4. 后处理与分析: 对计算出的结果进行进一步的分析和可视化，如统计细胞数量、计算平均细胞面积等。还可以对结果进行进一步的分析和可视化，例如绘制直方图或散点图等。

其他工具考虑：除了Matlab，还有一些其他工具也可以进行图像处理和分析，如Fiji（ImageJ的一个扩展版本）或专门用于肌肉细胞分析的软件（如果有专门针对肌肉细胞分析的特定软件的话）。此外，深度学习和机器学习模型也在图像处理领域得到了广泛的应用，特别是针对复杂的图像分析任务。如果样本数量非常大并且有足够的标注数据（即已知哪些区域是肌肉细胞），可以考虑使用深度学习模型进行更精确的图像分割和分析。这可能涉及到使用深度学习框架如TensorFlow或PyTorch来构建和训练模型。不过请注意，这需要一定的深度学习和图像处理知识。对于特定的应用场景（如肌肉细胞分析），可能需要进一步的研究和探索合适的算法和技术。对于大型样本集和复杂分析任务，可能需要结合专家知识和手工处理来保证分析的准确性。在进行实验设计和数据分析时始终遵循科学严谨的态度是非常重要的。