DPABI的Normalize处理后的fMRI数据出错

Question

1. 经DPABI的ARWS预处理后的rsfMRI数据，在做FC和“Extract ROI Time courses”时总是报错，无论怎样定义ROI，提示“contained voxel = 0”。返回看预处理的数据，发现slice timing和realign的数据都没问题。而Normalize后的数据（在整个数据处理过程中，该步骤没有报错，生成的文件大小也有100M而非没有数据），用MRICorn打开，呈现一片空白。将realign后的数据overlay上去，提示“No overlap between overlay and background - these images do not appear coregistered”。具体的预处理流程如下图1，请问如何解决？
2. 用的是DPARSF5.2版本的“DPARSF for monkey data”。有3个可能的影响因素：a，Normalize选择的是T1 image，在数据处理过程中，曾提示没有co*T1数据，用的是T1数据代替，见下图2。 b，Normalize一行的“Voxel size”是默认的{2 2 2}，而实际是{1.5 1.5 1.5}，是否有影响？ c，预处理没有勾选“Bet”。勾选“Bet”后运行必然会报错，见下图3。不知原因为何？由于数据是同一只动物在同一次扫描中的多个session，故没有选“Bet”。
3. 想看一次扫描内不同时间下（不同session）ROI随时间的变化，是否是选择“Extract ROI Time courses”？没有做个这个分析，不知“Extract ROI Time courses”得到的数据是什么样子，是每个session返回一个ROI的数值吗？多谢各位！

图1：

图2：

图3：

Answer 1

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该回答引用文心大模型4.0，仅提供参考，不保证完全正确
目前为文心大模型4.0专栏，网页版本：V2.5.3（2024.1.19）
这个问题涉及到DPABI（或DPARSF）在处理fMRI数据时的一些细节和可能遇到的问题。以下是对您问题的分析和建议：

1. Normalize后数据为空白：
   • 如果Normalize步骤后，用MRIcron打开数据是空白，这通常意味着数据没有正确地对齐到标准空间。可能的原因是Normalize时选择的T1图像与功能图像不匹配，或者Normalize的参数设置不正确。
   • 您提到使用了T1数据代替coT1数据。如果T1图像与功能图像在扫描时不是完全对齐的，那么Normalize可能会出现问题。理想情况下，应该使用与功能图像对齐的解剖图像（如coT1）进行Normalize。
2. Voxel Size的问题：
   • 如果默认的Voxel Size与实际不匹配，可能会导致Normalize时插值不准确，但这通常不会导致数据完全空白。不过，为了数据的准确性，建议将Voxel Size设置为与数据实际匹配的值。
3. 关于“Bet”：
   • “Bet”是Brain Extraction Tool的缩写，用于去除头骨等非脑组织部分。如果数据中没有明显的头骨部分，或者您确定不需要去除头骨，那么可以不勾选“Bet”。但是，如果数据中存在头骨，且头骨与脑组织信号强度相近，那么不去除头骨可能会导致Normalize时出现问题。
   • 您提到勾选“Bet”后会报错。这可能是由于某些原因，“Bet”无法正确识别和处理您的数据。您可以尝试调整“Bet”的参数，或者检查数据是否存在异常。
4. Extract ROI Time courses：
   • “Extract ROI Time courses”是用于提取感兴趣区域（ROI）的时间序列数据的。对于每个ROI，它会返回一个时间序列，表示该ROI内所有体素的平均信号强度随时间的变化。
   • 如果您想看一次扫描内不同时间下（不同session）ROI随时间的变化，那么“Extract ROI Time courses”是一个合适的选择。您可以为每个session分别提取ROI的时间序列，然后比较它们之间的差异。
5. 解决建议：
   • 首先，确保Normalize时使用的T1图像与功能图像是对齐的。如果可能的话，尝试获取与功能图像对齐的co*T1图像进行Normalize。
   • 其次，检查并调整Normalize的参数，包括Voxel Size等，确保它们与数据实际匹配。
   • 如果仍然无法解决问题，您可以尝试使用其他工具或方法进行Normalize，例如使用FSL或AFNI等工具进行手动对齐和调整。
   • 对于“Bet”的问题，您可以尝试调整其参数或寻找其他方法去除头骨（如果需要的话）。
   • 最后，关于“Extract ROI Time courses”的使用和结果解释，您可以参考DPABI或相关软件的文档和教程进行学习和理解。

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